Se encuentra adosado a la pared de la tribuna localizada al pie de la iglesia y enfrentado al altar. Construido en 1779 por Guillermo D'Enoyer, su actual caja de estilo neogótico sería realizada por Francisco Dávila en 1896. El instrumento ha tenido diversas intervenciones entre las que destaca la ejecutada en 1921 por Blas Beracoechea.
La fachada principal contiene un grupo central compuesto por nueve castillos, de los cuales son torreones los impares y, planos, el resto. Todos de tamaño y diseño variado. De forma separada, en los extremos, luce sendos castillos de tipo torreón con tubería de contras. A falta de un mejor análisis, podrían parecer tubos canónigos algunos de ellos.
Bajo cada uno de estos once castillos en total, se observan los orificios de la trompetería horizontal a dos filas que debió poseer en su momento, desaparecida totalmente en la actualidad.
También es apreciable una cadereta de espalda, con tubos canónigos supuestamente, con cinco castillos. La consola se encuentra incrustrada en dicha cadereta la cual, según documentación consultada, dispondría de un doble teclado, además de pedalier y otros pedales.
Según la documentación mencionada, el instrumento consiste de órgano mayor y órgano expresivo. La transmisión de registros sería mecánica y la de teclado también mecánica pero con sistema neumático Barker. Asimismo, su consola de doble teclado se encontraría separada del mueble principal, encastrada en la cadereta de espalda.
Dispone de puertas para el acceso al interior y una motobomba para alimentación de aire.